針對台商在大陸智慧財產權遭侵害案件，經濟部於本年(101)年7月4日邀集學者、律師、海基會及相關政府單位（司法院、法務部、陸委會等）召開座談會，研商可能之救濟及爭端解決機制。
為強化雙邊智慧財產權的保護與合作，兩岸已簽署「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，建構主管機關間之溝通平台及協處機制，以協助兩岸智慧財產權相關糾紛。然而，民間仍有兩岸智慧財產權糾紛無法獲得適當救濟之意見，並建議透過兩岸協議強化解決機制。有鑑於此，經濟部爰召開上述座談會進行相關議題研商，會議重要情形摘要如下：
關於兩岸智慧財產權侵權糾紛是否得循仲裁及調解等機制解決，與會代表首先表示對於涉及權利有效與否等應以主管機關審查結果為準之爭議，是否能以調仲等機制解決，值得研究。且仲裁以當事人之合意為基礎，但當事人在侵權糾紛中達成提付仲裁之合意的機會不大，而兩岸現行之法制下能否以單方意願開啟程序、如此會否產生限制當事人訴訟權之爭議，皆有疑義，因此，以仲裁方式解決智財侵權爭議案件不可行。至於調解方式雖較為可行，但仍涉及調解結果必須雙方同意，以及後續認可執行力問題。
其次，對於兩岸合組機構解決相關糾紛之討論，與會代表則表示，以爭端解決之目的來看，救濟程序之決定應是依法可為執行名義者，方為有效。而兩岸合組之機構相較於現有之救濟或處理途徑，如僅是提供建議或意見，其對台商之效益或者有限；而若在個案上有實體決定並可據以執行，則如同該決定凌駕現有法律救濟程序，除有法源依據之問題外，在兩岸現行法制下亦不可行。與會學者並認為，中國大陸現已有於法院設立涉台案件之專庭，如能對於智慧財產權所生糾紛設置專業法院或專庭，增加台籍審判人，配合兩岸學界及實務界之交流，應有助於提升審判品質及判決公信力。
在現行兩岸合作機制之運用方面，與會專家則建議一方面可藉由資訊彙整分享與重大案件通報，協助台商透過中國大陸行政查處機制保障其權益；另一方面在兩岸協處機制，則可藉由專家參與甚或成立民間監督小組提供意見，以提升處理結果之公信力。
經濟部表示，對於與會專家及代表所提出之建議，包括協助設置專業法院或專庭、增加台籍陪審員或調解仲裁人員、促進資訊分享與人員交流等議題，經濟部智慧局將於兩岸智慧財產權工作小組中提出，由雙方討論、推動。
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